特許人和被特許人之間因特許經營活動產生的糾紛，最普遍的便是有關特許分經營合同的合同糾紛。特許經營合同是特許經營的核心，是鏈接特許人和被特許人之間的紐帶。雙方因合同產生的糾紛，主要因于：
1)合同性質的認定不同
關于合同性質的糾紛，一般而言合同的名稱能基本反映合同的法律性質和合同雙方之間的法律關系，但是在實踐中合同名稱五花八門，如加盟合同、連鎖經營合同、品牌專營合同、項目合作協議、專柜經營協議、技術培訓合同、特約經銷協議等等，僅從合同名稱很難準確判斷合同的性質及當事人的法律關系。合同性質及法律關系確定不清楚，雙方的權利義務以及法律適用便產生不同。
再者，合同名稱雖為“特許經營合同”，但是其權利義務內容在本質上不符合特許經營合同的性質。還有的情況是，不少合同約定的權利義務既有特許經營合同性質的內容，又同時涉及如買賣合同、合作經營合同、商標許可使用合同等方面的內容，存在法律關系上的交叉、混合，容易引起混淆。
另外，在合同履行過程中，雙方當事人合同約定的內容與實際履行的情況不一致，此種情形可能屬于雙方以實際履行的事實達成了新的一致的意思表示即變更了原約定內容，也可能屬于一方或雙方違反了合同約定，如認定為前者，則涉及合同性質的變更問題。
面對以上種種合同性質認定的糾紛時，應當以合同約定的權利義務是否符合特許經營合同的法律特征為基本標準，既不能簡單機械地以合同名稱確定合同性質，更要注意區分特許經營合同和某些與特許經營似是而非合同之間的差別。
2)合同效力問題
在特許人和被特許人產生糾紛訴至法院后，雙方最慣常的爭議焦點主要集中在特許經營合同的效力問題上，主要是因為《條例》對特許人的經營資質、特許經營合同的內容等均有嚴格的規定，而特許經營合同糾紛存在特許人不具備開展特許經營的資質、合同內容不規范等特點，故合同的效力通常成為當事人的爭議焦點。
以下四個方面是火力集中點：一是特許人沒有達到“兩店一年”的要求;二是特許人沒有履行備案義務;三是特許人的經營資源存在瑕疵，如特許人許可給被特許人使用的商標系未注冊商標、特許人對涉案商標無處分權、商標權屬存在爭議等;四是特許人未履行信息披露義務或者提供虛假信息。前三種情形往往產生合同是否無效的爭議，第四種情形則產生是否構成欺詐而撤銷合同的爭議。
司法實踐中，目前法院審理的傾向性認為：無效是對法律行為最為嚴厲的否定性評價，合同無效是對當事人意思自治的徹底否定，體現了國家意志對私法領域的干預。因此，在認定合同效力時，應當依據尊重當事人意思自治、維護交易穩定的原則，嚴格把握合同無效的法律適用。既要嚴格遵循國家的立法意志，嚴懲損害公共利益的不法行為，也要維護誠實信用，防止不恰當地擴大無效合同的范圍，干擾正常的市場交易，損害交易主體的合理預期和交易安全，并防止一些當事人以“違反國家強制性規定”為由惡意背信棄義的行為，以保護誠信的市場交易主體的合法權利。
3)合同解除、撤銷以及違約責任
在特許經營合同糾紛中，面對合同需要被確認解除或者撤銷時，被特許人通常主張特許人應當承擔全部責任，理由主要是特許人不具備相應資質、有欺詐行為、未履行支持指導義務等，過錯均在特許人。特許人則通常認為由于被特許人經營不善而導致合同終止，應由被特許人自行承擔責任。
而合同一旦被認定解除或者撤銷時，合同無效或者撤銷、解除后相關費用、損失的如何處理的問題又是雙方的爭議焦點。如特許人向被特許人收取的費用，如加盟費、業務培訓費、裝修設計費、押金、保證金、權利金、廣告費等等，是否需要返還;因特許人要求被特許人向其指定供應商購買設備，或通過指定裝修公司進行裝修等產生的損失，在合同無效或者撤銷、解除時，是否需要特許人來賠償等。
要依據《合同法》第五十八條以及第九十七條的規定，結合特許經營合同的的具體情況綜合分析財產的實際可返還性。如特許經營涉及知識產權的許可使用，由于知識產權的無形性，被特許人在客觀上難以返還已經實際使用的知識產權，故若被特許人已實際使用了特許人的知識產權并從中獲益，特許經營合同被確認無效或者被撤銷的，在理論上，特許人可以基于不當得利要求被特許人返還其所獲得的利益。但由于被特許人使用特許人的知識產權是以支付加盟費等相關費用為對價的，加盟費等相關費用在實質上已經包含了知識產權許可使用費在內，故在實務操作中，特許人有權要求被特許人返還的使用知識產權所獲的利益可以與加盟費等相關費用進行相應的抵扣。
合同解除的法律后果是合同關系消滅，合同約定的權利義務終止，尚未履行的，終止履行;已經履行的，根據履行情況和合同性質，當事人可以要求恢復原狀、采取其他補救措施，并有權要求賠償損失。司法實踐中傾向于認為特許經營合同系持續性合同，在持續履行過程中產生的互相給付均具有合同約定的對價，且履行的標的涉及被特許人對知識產權的使用、特許人向被特許人提供的支持、指導、培訓等，對上述履行標的的恢復原狀不具有操作性，故已經履行完畢的內容沒有必要恢復原狀，即合同的解除不具有溯及力，合同的解除只向將來發生效力，解除前發生的給付具有保持力，但尚未履行的義務不再履行。因此，特許經營合同解除后，特許人無需退還被特許人為獲得特許經營權而向特許人支付的一次性費用。
合同無效、撤銷后，當事人之間的合同關系不復存在，有過錯的一方應當賠償對方因此所受到的損失;雙方都有過錯的，應當各自承擔相應的責任。上述賠償責任是過錯責任，即按照過錯大小承擔賠償責任。損失賠償的范圍應當僅限于信賴利益，而不應包括合同履行后可以獲得的預期利益或者因債務不履行而造成的可得利益損失。
