商業特許經營體系中，特許人與加盟商之間是特許經營資源的授權關系，基于對授權特許經營資源統一管理的需求，特許人會要求加盟商統一形象，管理加盟商對特許經營資源的使用。由此，就會給外界帶來誤會：加盟店屬于總部的辦事機構，當加盟商在經營過程中與第三人產生法律糾紛時，往往第三人會直接向特許人追責。所以，在特許經營活動過程中就會產生加盟商與第三人產生糾紛，特許人要不要承擔責任的問題。
根據合同法的一般規則，加盟商屬于獨立的民事合同主體，對外經營產生的法律糾紛、民事責任應該由加盟商自己去承擔。但商業特許經營提醒有自己的獨特性，這個獨特性體現在特許經營體系對外是以一個統一的形象體現出來的，店鋪統一裝修、門頭使用規范統一、內部管理辦法統一、經營模式復制粘貼。這個特性在第三人的意識里，他是在與“xxx品牌”交易。消費者沒有義務也很難去區分交易對象是加盟店還是直營店。
實踐中，不少消費者與加盟商產生糾紛后，往往以特許人(加盟總部)為被告提起訴訟，要求特許人承擔責任。
所以，特許人進行特許經營活動中，為了避免特許人承擔擔加盟商與第三人之間糾紛產生的法律責任，在實踐中要做到以下幾點：
第一、 在商業特許經營合同中明確約定特許人與加盟商之間的獨立地位。特許經營關系中雙方各自對自己的經營活動產生的法律責任負責。二者之間的關系不是代理關系，任何一方無權代理另一方從事民事行為，并約定嚴格的違約責任。特許人在實際特許經營活動中會監督被特許人的特許經營活動，防止被特許人以特許人的身份進行活動。
第二、 規范、完善特許經營資源。加盟商與第三人產生的法律責任分為兩部分，一部分是由特許人提供的特許經營資源本身導致的，另一部分由于加盟商自己的經營活動所導致。對于加盟商自己不按總部要求提供合格產品，違犯法律規范所導致的法律責任，應該由加盟商自己承擔責任。但是，如果法律責任是由于特許人提供的經營資源所導致的，特許人當然的就應該承擔相應的法律責任。這也就是說，為了減少特許人承擔法律責任的風險，特許人應該保證自己向加盟商提供的經營資源沒有瑕疵，以確保不會因為特許經營資源瑕疵而導致加盟商需向第三人承擔法律責任。保證自己的經營資源的規范、完整是特許人應負的義務。
第三、 規范自己加盟店的門頭店招使用，統一使用“xxx品牌xxx加盟店”標識加盟店。明確加盟店的身份。
第四、 特許人與特許人的股東、控制人不要在加盟店里占有股份，不可對加盟店的對外經營活動進行過多干預。
